Kompleksową opieką psychologiczno-pedagogiczną nad członkami społeczności Gdańskich Szkół Autonomicznych sprawują specjaliści z PPP Osiek. W ramach czesnego oferują rozszerzoną liczbę godzin przeznaczonych na konsultacje wspierające dla uczniów, nauczycieli i rodziców, pracę w klasach, psychoedukację, profilaktykę, doradztwo zawodowe.